如果长期不用的话，要对其进行适当的保养，以防橡胶圈老化，导致漏水。天窗的滑轮最好经常使用，以保持其润滑及灵活性。
天窗会产生的最大问题就是漏水，这也是最普遍的问题。橡胶密封条是天窗防尘、防水的保障，长期的日晒雨淋会加速对橡胶条的老化，一旦遇上暴雨天气，渗漏进来的水容易对内饰及车内电子造成损害。平时，车主们可以使用棉布、纱布擦拭滑轨的轨道，然后往滑轨轨道上涂抹少量的黄油。
需要注意的是，由于天窗系统中包括许多橡胶、塑料零件，这些材质的零件与油类或黏性物质接触的话，会受到腐蚀，所以只需要用普通抹布擦拭橡胶零件即可，也可以添加适量的滑石粉提升塑料件的润滑效果。洗车时，不要将高压水枪直接对着密封圈冲击，否则会导致其损坏变形。
此外，还要注意季节及使用环境的变化。如果汽车长期处于风沙环境中，要经常注意清理缝隙中的沙子。冬天去北方，也要考虑天窗结冰的情况，千万不能强行打开天窗，否则易造成天窗电机及密封橡胶圈损坏。