套牌车违章的处理：
1、去违法拍摄地点的交通队进行信息核实；不论你通过何种手段确认自己的确被套牌，这时需要携带与车辆相关的一切手续，如行驶本、车辆注册登记证、保险单等等资料，以及前期收集的相关车辆不在场证据等，前往被拍照地区的交通队进行申报。交通队会根据车主提供的手续和证据，结合违法信息来核实确定你是否确实被套牌；
2、领取违法拍摄地点交通队出示的车牌被套证明；交通队会对你的车辆进行拍照，然后比对套牌违法车的违法拍照情况，当然这个核实确认的过程并没有明确的标准，每个车的违法情况和证据的提供都不同。比如两车外观非常相似，或一两次的常见违章也许证明判断起来就有困难；比如近期违章突然出现不正常增多，或套牌车与原车存在外观明显差异，可能甄别确认起来就要容易一些，因此我们提供的信息和证据是否足以说明车牌被套谁都无法确定，能做的就是尽量全的提供一切证据，积极配合交通队进行核实工作；
3、前往指定的车管所进行号码变更；申诉成功后，交管部门会给你开具一个车辆被套牌说明。凭这个说明，你可以到车管所申请更换牌号。当然你也可以不申请更换牌号，不过在接下来的日子里，每一次套牌车给你惹事生非后，都需要你提供好证明材料跑一次交管来证明自己的清白。