科目二补考费在网上交是可以的，在线预约科目二缴费流程：
1、首先进入市公安交通管复理局-考试预制约服务系统，录入身份证号码、考试预约密码、验证码，然后点击登录；
2、登录页面，右上角显示补考费缴纳，点击“补考费缴纳”；
3、进入公安交通管理局-补考网上缴费服务系统，首先显示的是补考网上缴费-声明公告，阅读并点击“已查看，下一步”；
4、进入补考网上缴费登录，录入证件号码、验证码，点击“确认”；
5、进入补考网上缴费 第二步验证身份核实信息，填写姓名，核实证件号码，填写邮寄地址、联系电话知，选择补考的考试科目，点击“确认”；
6、进入补考网上缴费 第二步确认订单信息，首先确认订单信息，如果信息不正确，点击“重新下道单”，如果信息正确无误，在页面下方在线支付里选择支付方式，点击“确认付款”，进行付款支付。