如果摩托车的发动机进水了，会导致发动机熄火，如果二次启动，会导致发动机受到严重的损伤。发动机是可以压缩空气的，但是无法压缩水，如果发动机进水了，就不要再次启动了，否则会严重损伤发动机。
摩托车的发动机工作原理与汽车的发动机是相同的，摩托车使用的也是四冲程汽油发动机。
四冲程发动机在工作时有四个冲程，这四个冲程分别是吸气冲程，压缩冲程，做功冲程，排气冲程。
发动机处于吸气冲程时，进气门会打开，此时活塞会向下运行吸入可燃混合气。
发动机处于压缩冲程时，进气门和排气门都会关闭，此时活塞会向上运行压缩可燃混合气。
发动机处于做功冲程时，进气门和排气门都会关闭，此时火花塞会点燃可燃混合气。燃烧的可燃混合气会向下推动活塞，这样发动机就可以输出动力了。
发动机处于排气冲程时，发动机的排气门会打开，此时活塞会向上运行，这样汽缸内的废气就可以排出了。
四冲程发动机在运行时可以不断循环这四个冲程。
有些摩托车使用的是二冲程发动机，二冲程发动机工作时只有两个冲程，这种发动机的转速是比较高的。