M54发动机通病主要是VANOS系统失效，而VANOS系统失效，主要是因为密封圈的问题。
首先，VANOS系统全称为可变凸轮轴正时控制系统，作用是增加发动机在中低转速的扭矩输出、降低怠速工况下的残余废气量、降低油耗和排放。
各个汽车厂商都有类似的系统，只是技术细节上有所不同（例如丰田叫VVT-i，本田叫i-VTEC）。VANOS系统的工作原理都是一样的，均是用液压系统控制凸轮轴角度以实现对气门正时的调整。
宝马当时选用的橡胶材料无法长时间在高温机油中工作，导致橡胶密封圈老化迅速，通常在3-5万公里就会出现橡胶硬化密封逐渐失效，最终使得VANOS形同瘫痪，消耗动力的同时还无所作为。
如果VANOS系统失效，会出现以下症状：
1、 整体动力下降，低转速尤其明显；2、冷启动困难；3、转速很难上到3000rpm；4、动力输出不线性，升降挡窜动；5、怠速转速不稳；6、开空调乏力；7、油耗明显增加，至少10%。