车管所保管。汽车合格证是交车时随车一块交给小伙伴的，新车上牌时，汽车合格证原件要入档，由车管部门保管。只有具有合格证的汽车才符合国家对机动车装备质量及有关规范的需要求。2018年8月1日起，机动车合格证可线上办理。
《关于机动车合格证业务线上办理有关事项的通知》指出，自2018年8月1日起，工信部装备中心开通机动车合格证业务平台（以下简称业务平台），梳理简化业务办理所需材料清单，以方便有关企业和个人在线办理合格证业务。
业务平台具体业务功能包含：新增企业备案、企业信息变更、合格证正面样式备案（仅限境内机动车生产企业办理）、合格证正面样式变更（仅限境内机动车生产企业办理）、合格证系统U盾申领、新增子企业备案、子企业信息变更、合格证系统用户信息找回、配置信息系统开通（添加或变更生产厂）、免税图册系统开通、票据关关联统开通，以及合格证批量修改撤销申请（仅限境内机动车生产企业办理）。