车辆闯红灯扣分的处理方法如下：
1、如果车辆在红灯时只是刚刚越过停止线，但立即停住了，这种闯红灯不会进行处罚，要是过线后还有明显的位置移动，就要被处罚。电子眼拍摄闯红灯的3张照片为：车辆驶过停止线，随后两张是车辆驶到路口中间以及到达对面路口。只有当这3张照片齐备时，才会被认定为闯红灯，在新规中扣6分；
2、当信号灯与交警手势发生冲突时，机动车驾驶人要服从交警的现场指挥。如果因交警现场指挥“被闯红灯”，驾驶人可以到事发地交警大队开具调流证明，免于处罚。当事人若对处罚有异议，可通过行政复议、行政诉讼等渠道申诉解决；
3、如果车辆全身越过停止线后没再继续移动，这样并不算闯红灯。但这种情况是越线停车，根据《道路交通安全违法行为记分分值》第4条第5项，“行经交叉路口不按规定行车或者停车的，一次扣2分；”
4、越线停车后又倒车。机动车不得在铁路道口、交叉路口、单行路、桥梁、急弯、陡坡或者隧道中倒车。如果违规倒车，可处警告或者二十元以上二百元以下罚款；
5、跟大车后“误闯”红灯。驾驶人要保持足够的望范围，要以能看到前方的信号灯、保证安全刹车距离为标准。一般情况下，机动车跟在大型车辆后面被拍，都是因为过路口抢信号。这种行为只能按闯红灯予以处罚；
6、闯黄灯经过路口。交警部门表示，《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》规定，路口黄灯闪烁时，已经越过停止线的车辆可以继续通行。