奥迪A6L采用分区空调，可以在中控空调面板以及MMI显示屏中进行设置。当车辆在阳光下晒得很热时，可以使用空调系统迅速降低车内温度。空调系统也可以以ECON模式运行从而节省燃油。奥迪A6L的空调控制面板在车子中控区域的正下方，多媒体机的下方。左边的AUTO是自动空调的开关，旋钮是分区空调左边区域的温度设置，前挡玻璃除霜和内循环开关。正中间的旋钮是风力大小的开关，转动这个可以调风的大小。旋钮下边三个按钮则是不同的风向选择，有朝脸、胸口和脚的方向。最右侧的区域，这里有后视镜加热、PFF关闭开关、旋钮是分区空调右边区域的温度设置、AC是空调压缩机开关。