水冷摩托车和风冷摩托车最大的区别就是散热的方式不同，水冷发动机是通过水对发动机进行散热，风冷发动机是使用自然风为发动机进行散热。
水冷发动机的工作原理是，通过水泵、水箱温控还有风扇，使流动水流过缸头和缸套，以此能够达到降温的目的，水冷发动机通过节流阀和温控的配合控制，能够让发动机保持最佳的润滑效果，提升发动机的工作性能。
由于水的比热容较大，发动机在工作的过程中，能够很好的达到冷却的效果，对于大功率、高转速的发动机进行有效的温度控制，相对于风冷发动机来说，水冷发动机的结构要复杂一些，外置水箱的占用摩托车体积较大。
风冷发动机的工作原理就是使用自然风为发动机散热，以空气为冷却介质的发动机，只需要在发动机表面铸造出一些散热片，通过这种方式增加空气与发动机壁的接触面积，这样就可以达到很好的冷却效果，如果发动机的温度过高的话，风冷发动机容易出现故障。