乙醇汽油和纯汽油最大的区别就是乙醇汽油中的乙醇是可再生资源，可由高粱、玉米、薯类等经过发酵而制得，更加环保，但纯汽油却是不可再生的，且排放的气体污染比较严重；此外，还有一个比较明显的区别，乙醇的热值只有常规车用汽油的60%，所以在动力性和燃油经济性上会比纯汽油要差些。
用乙醇汽油由于混配有一定量的变性燃料乙醇，乙醇是亲水性液体，易与水互溶，不同于汽油，汽油可以和水分离，水份沉积在油箱底部。因此车辆在首次使用车用乙醇汽油时，应对油箱内进行一次检查，以防止乙醇汽油与油箱底部可能存在的沉淀积水互溶，使油中水分超标，影响发动机的正常工作。选用乙醇汽油之前要对汽车的燃油系统进行清洁。