科目三补考费的缴费方法如下：
1、首先进入市交通管理局的考试预约服务系统，录入身份证号码、考试预约码以及验证码，然后登陆；
2、进入页面，然后点击右上角的补考费缴纳，选择\补考费缴纳\；
3、会弹出补考网上缴费声明公告，阅读然后点击\已查看、下一步\；
4、进入补考网上缴费登陆界面，输入证件号码、验证码，然后点击登陆；
5、核实身份信息、证件号码，填写姓名、邮寄地址以及联系电话，然后选择要补考的科目，点击确认；
6、进入补考网上缴费，确认订单信息，如果信息不准确，点击\重新下单\选项，如果个人信息确认无误，那么就可以选择下面的支付方式，点击\确认付款\进行线上补考费支付。