本田冠道不同配置车型搭配有CVT变速箱以及9挡手自一体变速箱。其中1.5T车型都是CVT变速箱，使用的是换挡杆；而2.0T版本全部都是9挡手自一体变速箱，使用的是按钮换挡。不论是1.5T车型还是2.0T车型，变速箱都有P、R、N、D四个基本档位。
冠道根据行驶需要切换档位，仪表信息显示屏会显示当前所处的档位。其中P挡是驻车挡，在停车或启动发动机时使用；R挡是倒车档，在倒车时使用；N挡是空挡，在怠速时使用；D挡是驾驶挡，在自动驾驶模式下，变速箱根据实际情况换挡，在手动模式下，需要使用方向盘上的拨片换挡。
此外，冠道的变速器还有自动切换到P挡的保护设定，当驾驶员车门打开，发动机运行且车辆静止或以低于2km/h的速度移动时，档位会自动切换至P挡；当驾驶员车门打开，变速箱处于P挡以外的位置时，档位会自动切换至P挡。