深圳市新能源指标申请流程如下：
1、登录深圳市小汽车增量调控管理信息系统网站；
2、点击左上方的个人申请菜单，进入个人申请页面；
3、阅读《深圳市小汽车增量调控管理实施细则》，然后选择相应身份类型，确认信息填写没问题后，点击下一步，进入申报信息填写界面；
4、申请填写要认真、仔细地阅读各项提示，务必如实填写相应信息，并阅读页面下的信息，确认信息填写无误后点击下一步，信息中除了电子邮箱外其他字段都为必填项；
5、点击下一步后，进入信息确认页面，确认所有信息无误后点击确认，弹出提示框，点击确认后进入短信确认界面。输入正确手机号码，点击获取短信验证码，获取后输入短信验证码，点击获取顺序码，输入密码，点击提交后系统就会提示申请成功了。