二手车5万过户费按千分之五计算，这种计算的方式与第一种方式类似，都需要评估机构对车辆的情况和市场行情作出鉴定，最后给出一个估价。如果车辆最后的成交价格高于所给出的估价，那么就按照成交价格的千分之五作为过户费；如果成交价格低于估价，那么就按估价的千分之五作为过户费。以下是办理二手车过户的注意事项：
1、卖主的身份证：通过检查卖主的身份证可以判定卖主是否对所卖机动车拥有使用权和支配权；
2、机动车行驶证：这是机动车取得合法行驶权利的凭证；
3、车辆的登记证明：每一辆在路上行驶的车都会在当地车管所进行登记注册，必要的时候可以致电车管所进行核实；
4、机动车来历证明：就是原始的购车发票；
5、机动车号牌：检查有无涂抹更改的痕迹，应与行驶证上登记的号牌一致；
6、车架号：通常被刻在车辆的仪表板上，应与行驶证上登记的号码保持一致；
7、保险单：只有上了保险的车才有可能在车辆发生交通事故的时候将车主的损失降到最低；
8、道路运输证：如果是带有营运性质的车辆，必须检查是否有道路运输证；
9、税费缴讫证明：一定要注意检查购置税、车船使用税等费税的完税证明。