登录北京市小客车指标调控管理信息系统，进入用户中心；申请配置指标，在配置指标功能区选择人员类型，点击进入配置指标申请填报页面；填写新能源汽车申报页面，务必如实填写，新能源汽车需要在指标类型中选择新能源指标；确认无误后，提交申请；获得申请编码；查询审核结果。
北京新能源汽车申请成功后的操作：参与摇号，摇号工作结束25分钟后，可通过网站查询摇号结果，1小时后可通过拨打12580查询摇号结果；摇号中签的，可通过窗口领取或在网站下载打印《指标确认通知书》；办理车务手续，办理车购税，车辆赠与公证手续，车辆登记上牌。注意：普通指标和新能源车指标同时进行，这样是为了避免申请者同时参加两个摇号池。也就是说，申请者选择普通燃油车就不能再参加纯电动车摇号，选择纯电动车就无法再参加燃油车摇号。除此之外，所有信息都要如实填写，如果填写的是虚假信息，那3年以内都将无法再次申请北京市新能源指标。