自动启停系统是可以关闭的，自动启停系统的缺点有：
1、蓄电池与起动机维护成本较高，频繁的启停发动机，会对相关部件，如起动机和蓄电池造成损害。虽然带有自动启停系统的车都会采用增强型启动机和蓄电池，但实际使用中，它们的故障都会高于未搭载自动启停系统的普通车辆；
2、用户体验较差，各个品牌的不同车型，自动启停系统的设计也不同。一些车型的启停逻辑不是很好，介入时间拿捏不准，有时候长时间停车启停系统没有动作，而在收费站刷卡时轻轻一脚刹车却让它不请自来。另外，启动时噪音和震动较大，也是乘坐者最为诟病的一项缺点；
3、堵车更费油，如果遇上严重堵车，发动机停止工作的时间较长，燃烧室温度降低，未完全燃烧的碳氢氧化物和石蜡会形成积碳附着在气缸内壁。如果油品不好，情况会更严重。积碳会令油耗变高、动力变弱，本是为降低油耗设计的自动启停功能，反倒增加了油耗。