车辆灭失证明流程有：
1、根据《机动车登记规定》（公安部第124号令）的相关规定，机动车灭失的，机动车所有人应当向登记地车辆管理所申请注销登记，申请时应当填写申请表，并提交机动车登记证书、机动车行驶证、机动车所有人的身份证明和机动车灭失证明；
2、机动车灭失就是机动车的毁灭和消失，通俗的说就是车辆报废。灭失和被盗抢不同，灭失是已经确定车辆报废，毁灭，消失；
3、而被盗抢的车辆还有被找回的可能，车主报案后，持相关证明到车管所记录，停止办理车辆的各项登记和业务；
4、如果被盗抢机动车找回后，再恢复办理该车的各项登记和业务。此时如果保险公司已经赔付的，车辆处置权归保险公司所有。