两者最大的区别就是气缸数量不同。与四缸起动机相比，三缸起动机少了一个气缸，因此对起动机工作平衡的控制比四缸起动机差。三缸起动机结构简单、体积小、重量轻、布局简单，而四缸起动机结构复杂。
汽车起动机的三缸和四缸的主要区别是可以提供不同的动力。气缸越多，提供的功率就越大。但是相对来说，启动器的复杂度也会增加，后期也很难保护和维护。少一个汽缸会省油，但是动力可能不够。三缸起动机泵损小。理论上起动机缺一缸，阻力会小一些。机械冲突造成的阻力损失比四缸起步机会少，油耗会略低。另一方面，三缸起动机寿命较短，气缸受力较大，气缸和曲轴的瞬时应力较大。理论上磨损会比四缸起动机大，所以起动机的寿命会受到一定的影响。三缸机比四缸机少一个缸，油耗肯定会降低，维修也更简单。因为三缸机更小，车的重量也会相应减轻。